Genomer indeholder en lang række proteinkodende gener, hvis funktion er
velkendt. Disse gener udgør dog kun en lille del af den totale mængde DNA i
genomet. I mennesket er det kun omkring 3 %. Størstedelen af genomet udgøres altså af ikke-kodende sekvenser, hvis formål vi stadig ikke har kortlagt. Mængden af ikke-kodende sekvenser samt uvisheden om deres funktion gør, at det ikke-kodende DNA populært refereres til som ”genomisk mørkt stof”. Ny forskning har vist, at det molekylære maskineri i høj grad omdanner ”genomisk mørkt stof” fra DNA til RNA, dvs. at det ikke-kodende DNA transskriberes. Formålet med dette projekt er at belyse og forstå funktionen af ”genomisk mørkt stof” med særligt fokus på at undersøge, hvordan omdannelsen fra ikke-kodende DNA til RNA påvirker de nærtliggende geners aktivitet. Resultaterne herfra vil gøre os i stand til at skelne mellem de sekvenser, som blot tolereres, fordi de er harmløse, og de sekvenser, der bevares fordi de har en regulatorisk funktion. Ved at akkumulere viden om, hvilke egenskaber, der karakteriserer funktionelt genomisk mørkt stof, vil vi være i stand til at lave computerbaserede forudsigelser om, hvor i genomet ikke-kodende DNA er funktionelt. Vores indgangsvinkel og opdagelser vil have stor indflydelse på den
grundlæggende forståelse af den gådefulde rolle, som ikke-kodende DNA-sekvenser spiller, og hvorfor de udgør en så stor del af eukaryote genomer. Vi vil således kaste lys over de store mørke områder af genome
