Forskningen i det humane mikrobiom har hidtil været fokuseret på at identificere sammensætningen af mikrobielle samfund. Disse studier har gjort det muligt at beskrive mikroorganismernes vigtige rolle i mange habitater i den menneskelige krop. Man har nu stor erfaring med at beskrive mikrobielle samfund ved hjælp af omics og modeller, men mangler forståelse for hvordan bakterierne i de mikrobielle samfund interagerer og ændrer adfærd. Den seneste udvikling i molekylære analyser og bioimaging gør det nu muligt at studere mikrobielle populationer i naturlige omgivelser og i en skala, der er relevant for at påvise interaktioner og tilpasninger i mikrohabitater. Vi vil udvikle nye økologiske begreber og teorier for at forstå mikrobiomers unikke egenskaber som for eksempel syntrophy og metabolisk plasticitet. Dette vil give nye muligheder for at undersøge de interagerende mikrobielle netværk og ikke kun enkelte arter. I særdeleshed vil vi karakterisere det humane tarm mikrobiom med hensyn til sammensætning, funktion og den tidlige udvikling. Vi vil eksperimentelt undersøge betydningen af i hvor høj grad mikrobiomets sammensætning er bestemt af mikrobielle interaktioner. Der vil blive etableret en ny eksperimentel platform, der kombinerer high throughput in vitro screening og in situ analyse i mussemodel systemer. Dette vil åbne for fremtidige studier af interaktioner mellem mikrobiomer og værten, på et stærkere fundament end eksisterende korrelations baserede studier.
