Projekter vi har finansieret

I disse år investeres der i Danmark og mange andre lande i udviklingen af personlig medicin, som fokuserer på hvordan genetisk variation har indflydelse på sygdomsrisiko, udvikling, og behandlingsrespons. I Danmark er der for nylig oprettet et Nationalt Genom Center, og der arbejdes på at udvikle datainfrastrukturer som kan integrere information om DNA med elektroniske patientjournaler. Samtidig stiger udbuddet af genetiske tests fra private firmaer på det globale marked. Projektet Philosophy of Personalised Medicine in Practice (PROMISE) afdækker hvordan personlig medicin i flere afskygninger får indflydelse på vores sundhedssystem. Projektet har særlig fokus på hvordan personlig medicin udvikles i almen praksis, hvor der er store forventninger til de nye muligheder men også nye udfordringer. Projektet undersøger blandt andet følgende spørgsmål. Hvordan ser praktiserende læger mulighederne og udfordringerne ved personlig medicin? Er det lægens opgave at rådgive om resultater af genetiske tests købt på nettet? Hvilke fordele og ulemper er forbundet med det øgede fokus på genetikkens betydning for udvikling af fremtidige sygdomme? Gennem teoretisk og empirisk analyse præciserer PROMISE baggrunden for både optimisme og bekymringer i debatten om personlig medicin. PROMISE bidrager dermed til en forståelse af hvordan personlig medicin rykker ved dybe spørgsmål såsom sundhedssystemets formål og organisering, samt vores opfattelse af sygdom og sundhed.

Flygtninge har fået betydelig opmærksomhed i europæiske velfærdsstater, især siden flygtningeankomster fra Syrien i 2014 og 2015. Mens politik til forsvar af Danmarks grænser i stigende grad definerer den danske velfærdsstat, har ankomsten af flygtninge intensiveret diskussion om integration af flygtninge i lokalsamfund og forståelsen af Danmark som velfærdsstat. Ved at inddrage flygtninges livsfortællinger og sætte dem i relation til fortællinger om flygtninge i velfærdsstaten, og i relation til de integrations- og uddannelsesforanstaltninger, som flygtninge tilbydes i to kommuner, er det projektets formål at undersøge, hvorvidt og hvordan nye narrativer om den danske velfærdsstat kan konstrueres i skæringspunkter mellem disse fortællinger. Gennem brug af ’storytelling’ som metodologisk udgangspunkt for at inkludere erfaringer og historier som ofte ikke synliggøres og høres, både fra flygtninge og fra ansatte i den kommunale politiske og administrative sfære, identificerer projektet indhold og struktur i flygtninges fortællinger og fortællinger om flygtninge gennem narrative analyser. Projektet bidrager med ny viden om, hvordan disse fortællinger fletter sig ind i hinanden, og hvordan sammenfletningerne kan danne nye spor i narrativet om den danske velfærdsstat. På den måde fremstiller projektet ny viden om velfærdsstatens praksis og historie i en global og ’postmigrant’ situation.

Mogens Pelt, DFF FP1, 2019 Projektet undersøger republikanismens genkomst efter Den franske Revolution. Fokus er på Den græske Revolution og den græsk-franske forbindelse. Den græske Revolution i 1821 var den første fuldbyrdede nationale revolution efter Napoleons nederlag, og det er vores hypotese, at den virkede som en katalysator for republikanismens genkomst, som kulminerede i Julirevolutionen i 1830 i Frankrig og grundlovsbaseret styre, og dermed også som katalysator for parlamentarismes og demokratis sejr ovre store dele af Europa. Vi betragter derfor ikke i perioden 1815-1830 som en blindgyde for republikanske idéer, men som en overgang, der gjorde en ny epoke mulig. Napoleons nederlag i 1815 markerede afslutningen på en epoke med omfattende politiske eksperimenter og enden på en periode, hvor ideer og poltikker fra Den franske Revolution blev afprøvet over store dele af Europa. Men det var også begyndelsen på en ny tid: Wienerkongressens konservative europæiske orden og Den hellige Alliances forsøg på skrue tiden tilbage til før Den franske Revolution. Men hvad skete der med ideerne fra Den franske Revolution? Vores projekt undersøger, hvad der skete med republikanismen – den symbolsk og indholdsmæssige stærkeste udfordring til den nye reaktionære orden. Vi ved, at den på ingen måder var død; at den gik under jorden, levede videre og spredte sig ad hemmelige netværk. Og, at den dukkede op til overfladen med Den græske Revolution.

Læsning påvirker vores måde at tænke på, både fordi læsning er et redskab til at lære om verden, men også fordi selve det at læse bliver til en vane, som ændrer vores hjerne. Når vi først har lært at læse kan vi f.eks. ikke lade være med at læse et ord, og vi opbygger en forventning om at handlinger går fra venstre mod højre. Vi læser med øjnene og forskning har vist at læsning ændrer hjernens bearbejdning af synsindtryk. Men læsning bygger også på vores hørelse, når vi skal koble skrifttegn med sproglyde. Selv drevne læsere omdanner skrift til lyd inde i hovedet. Jo bedre læsere vi er, des mere har vi øvet os på at putte forskellige sproglyde i kasser der passer med bestemte bogstaver og ord. I dette projekt undersøger vi hvilke ændringer læseerfaringer skaber i de områder af hjernen der bearbejder lydindtryk. Projektet undersøger om der er forskelle i den måde hjernen organiserer bearbejdningen af toner alt efter hvor meget man har læst. Vi undersøger også om der er forskel i organiseringen af sproglyde i hjernen alt efter hvor meget man har læst. Spørgsmålet er, om alfabetets kasser med bogstaver har sat aftryk i hjernens lydbearbejdning. Til at understøtte dette udvikler vi et testbatteri, som bruges til at måle hvor dygtig og erfaren en læser forsøgspersonen er.

Frygt er en forsvarsmekanisme der er udviklet for at beskytte organismer mod fare, men nogle arter, inklusive mennesker, opsøger frivilligt situationer der tillader dem at lege med frygt. Eksempelvis elsker børn at blive jagtet for sjov af forældre der lader som om de er monstre, og rigtig mange mennesker opsøger frivilligt gyserunderholdning. Dette besynderlige fænomen, som vi kalder ”rekreativ frygt”, er dårligt beskrevet i forskningen. Dette forskningsprojekt sætter sig for at kortlægge rekreativ frygt. Dels undersøges det hvordan mennesker bruger rekreativ frygt i løbet af deres liv, dels foretages eksperimentelle studier hvor forsøgspersoner udsættes for forskellige frygt-stimuli (i form af gysercomputerspil og andet), og dels foretages et studie i et kommercielt spøgelseshus. Disse undersøger vil afdække hvornår, hvordan og hvorfor folk opsøger rekreativ frygt, samt hvad der karakteriserer rekreativ frygt på et psykologisk, adfærdsmæssigt og fænomenologisk plan. Desuden vil forskningsprojektet give viden om hvad der sker, når rekreativ frygt går galt – eksempelvis når en gyserfilm bliver for uhyggelig og man må forlade biografen eller slukke fjernsynet. Projektet giver dermed værdiful viden om et uhyre udbredt men empirisk underbelyst fænomen.

Funktionen af celler i planter, dyr og mennesker, omsætningsprocesser i jord, luft og vand, medicins virkemåde, produktion af kemiske stoffer, samt analyse ved hjælp af massespektrometri: disse er alle eksempler på situationer, som involverer store og komplekse netværk af kemiske reaktioner. På grund af størrelsen og kompleksiteten er der et kraftigt behov for bedre computer-baserede metoder til at analysere sådanne netværk. I dette projekt vil vi udvikle og kombinere teorien og algoritmerne bag to stærke beregningsmæssige platforme til sådanne analyser: MØD, som baserer sig på en formel metode kaldet graf-transformation, og Kappa, som baserer sig på såkaldt concurrency theory. De deler et fælles fundament i kategori-teori, men de har forskellige styrker: MØD har et højt detaljeniveau i modelleringen af molekyler og kemiske reaktioner, mens Kappa er udviklet til at studere reaktionsstier (pathways) i netværk. Ved at udvikle og kombinere disse egenskaber vil man blive i stand til studere og beregne løsninger til flere typer spørgsmål end det er muligt nu, og på større netværk.

Små syntetiske gensekvenser, Splice Switching Oligonukleotider (SSO), har et enormt potentiale til at kunne regulere genekspression, fordi de kan binde specifikt til gener og styre den del af genudtrykket, der kaldes splicing. Splicing For nyligt har SSOen, Spinraza, revolutioneret behandlingen af den hyppige og alvorlige sygdom, muskelsvind. Dette har både understreget SSO’ernes enorme potentiale som genregulatorer og utvetydigt vist, at SSOer med store effektivitet kan anvendes i kliniske behandlinger. At undersøge om et exon i et gen kan reguleres med SSOer og identificere det sted, hvor SSOen skal binde, anses imidlertid for at være meget vanskelig og kræve test af mange hundrede SSOer. Vi har i forbindelse med udviklingen af SSOer til aktivering af exons i adskillige gener observeret, at placering af SSOer i en region tæt ved exons er effektivt i hovedparten af generne. Vi kalder regionen: ”Sweet Spot”. Vi vil i projektet behandle exons fra 400 gener i deres normal kontekst med SSOer for at undersøge hvor hyppige Sweet Spots er, hvorledes de indgår i regulationen af splicing og hvorledes aktiveringen af exons med SSOer, der binder Sweet Spots foregår. De meget omfattende empiriske data fra projektet vil blive til at udvikle et program, der baseret på Deep learning, kan forudsige om Sweet Spots i et gen vil kunne reguleres med SSOer. Dette vil kunne anvendes både i forskning og ved udvikling af nye SSO baserede behandlinger af sygdomme.

Bakteriofager er bakterie-virus som specifikt angriber bakterier. Det har længe været kendt, at bakteriofager (fager) bidrager til overførsel af gener imellem bakterier i en proces betegnet transduktion, men de mekanistiske detaljer og biologien omkring transduktion er kun sparsomt belyst. Samtidig anses bakterier og fager for at indgå i et "arms-race", hvor både fager og bakterier udvikler sig løbende. På baggrund af vores tidligere studier af den sygdomsfremkaldende bakterie Staphylococcus aureus har vi opnået indikationer på, at transducerende fager, der som en del af deres livs-cyklus sidder i bakteriens kromosom, kan gavne bakterien ved for eksempel at overføre antibiotika resistens gener, som tillader bakterien af overleve i tilstedeværelse af antibiotika. Hypotesen bag dette projekt er, at der for denne type fager er et tæt samarbejde imellem fag og bakterie, og at bakterien i virkeligheden kan regulere transduktions processen. For at vise dette, vil vi identificere bakterielle gener, som påvirker transduktion, og vi vil karakterisere deres rolle i processen. Projektet forventes at bidrage med skelsættende resultater omkring mekanismerne hvormed DNA overføres imellem bakterier via fager, og disse vil have afgørende betydning for hvorledes vi anskuer bakterie-fag interaktioner. Forskningen forventes i fremtiden at kunne bidrage med viden, som kan medvirke til at begrænse spredning af for eksempel antibiotika resistens gener imellem sygdomsfremkaldende bakterier.

Virus, den simpleste og ældste form for parasitter, inficerer alle kendte levende organismer og derfor har stort set alle organismer en eller flere forsvarsmekanismer mod virus. Drosophila melanogaster, der på dansk kendes som bananfluen, er en vigtig modelorganisme, og de kraftige genetiske værktøjer, som er til rådighed for bananfluer, har muliggjort mange store opdagelser. I dette projekt beskriver vi et nyt og meget interessant system, som bananfluerne bruger til at forsvare sig mod virus. Kærnen i dette system er proteinet STING, som også findes i mennesker, og med vores projekt vil vi finde ud af, hvordan STING ”ser” virusset. Selvom STING i bananfluer og mennesker ligner hinanden på mange måder, kan de ”se” helt forskellige slags virusser, og vi har identificeret to proteiner, vi formoder hjælper STING med at ”se” virusset. Vores projekt vil karakterisere, hvordan disse proteiner hjælper STING med at ”se” virusset, og vil give en grundlæggende viden om det medfødte immunforsvars evolutionære oprindelse og de basale mekanismer, der styrer medfødt immunitet.

Solens stråler absorberes af klorofylmolekyler i planternes grønkorn. Energien hopper fra klorofyl til klorofyl indtil det når reaktionscentret. Her splittes en elektron fra et hul, og de to ladninger bevæger sig i modsatte retninger. De bringer begge energi med sig til de kemiske reaktioner der danner sukker og ilt. Vi kender reaktionscentrets atomare struktur og vi ved hvor hurtigt opsplitningen af energi foregå, men vi mangler en forståelse der er så detaljeret at vi kan fremstille molekyler, der kan det samme.
Moderne, såkaldt kohærente lasereksperimenter foregår i Sverige og Michigan, og de lokker nye detaljer frem, men for at presse al information ud af eksperimenterne, har vi brug for kvantemekaniske beregninger af hvad vi forventer at se. Først når måling og beregning passer sammen forstår vi det godt nok. Vi vil lave de nødvendige beregninger for reaktionscentret og dermed bidrage til detailforståelsen.