Chunaram Choudhary

Projekttitel

Analyse af proteinmodifikationer i immun og inflammatorisk signalering

Hvad handler dit projekt om?

Mammale celler er udstyret med en række mekanismer til bekæmpelse af invaderende mikrobielle patogener. Aktivering af medfødt-immun-receptorer og inflammatoriske receptorer af invaderende patogener eller inflammatoriske cytokiner, starter omfattende cellesignalering, der involverer forskellige typer af posttranslationelle modifikationer (PTM).

Forståelsen af de deraf modificerede proteiners præcise identitet og dynamik og dermed kompleksiteten af de involverede cellesignaleringsnetværk er dog ufuldstændig . I dette projekt vil vi bruge højopløselig kvantitativ massespektrometri til systematisk at analysere den globale dynamik af forskellige PTMer som respons på aktivering af forskellige immunologiske og inflammatoriske cytokinreceptorer.

Disse nye data vil give et detaljeret kvantitativt overblik over site-specifikke ændringer af PTMer, der fungerer nedenstrøms for receptorerne. Funktionaliteten af hidtil ukendte regulatoriske PTM sites vil blive undersøgt ved en række biokemiske og cellebiologiske assays. Det forventes, at disse resultater vil identificere samspillet mellem forskellige PTMer og afdække hidtil ukendte koblinger mellem forskellige cellesignaleringsnetværk.

Opsumeret vil projektet kaste lys over, hvordan forskellige receptorer af det medfødte immunforsvar aktiverer specifikke signalveje og fremkalder unikke cellulære reaktioner, hvilket vil hjælpe til at identificere terapeutisk relevante signalerings knudepunkter for udvikling af ny medicin.

Hvordan opstod din interesse for dit forskningsfelt?

Under min ph.d.studium studerede jeg signalering i kræftceller. I løbet af disse år indså jeg vigtigheden af uvildige metoder med henblik på at opnå et større billede af signalnetværk og på at opdage nye reguleringsmekanismer i cellesignalering. Min postdoc-træning fik jeg i Dr. Matthias Manns laboratorium ved Max Planck Instituttet for Biokemi, Tyskland. Her lærte jeg banebrydende metoder inden for proteomics, som muliggør en meget præcis og objektiv undersøgelse af proteinmodifikationer, såsom fosforylering og acetylering, i cellesignaleringsnetværk. Cellesignaleringsnetværk regulerer næsten alle centrale processer i humane celler, hvorfor jeg finder det meget interessant at studere disse.

Hvad er de forskningsmæssige udfordringer og perspektiver ved dit projekt?

Min gruppe har specialiseret sig i at anvende proteomics-teknologi til at analysere proteinmodifikationer og har udviklet en ny metode til systemundersøgelse af protein-ubiquitylering. Denne teknologi giver os muligheder for at undersøge, hvordan proteiner dynamisk modificeres som respons på specifikke cellulære perturbationer. I projektet ønsker vi at identificere proteiner, som er moduleret som respons på det innate immunsystem og inflammatorisk signalering, og undersøge deres funktioner i disse processer. Fejlfunktion i disse signaleringsprocesser er involveret i sygdomme hos mennesker, og en bedre forståelse af de molekylære detaljer i disse processer har stor videnskabelig og samfundsmæssig betydning.

Hvad vil det betyde for din forskerkarriere, at du indgår i Sapere Aude-programmet?

Det er mig en stor glæde at modtage Sapere Aude-bevillingen. der vil gøre det muligt for min gruppe at forfølge den foreslåede spændende forskning, men også i høj grad bidrage til en højere profilering af gruppen til et internationalt niveau. Sapere Aude-prisen kan også betragtes som en vigtig anerkendelse af min gruppes forskning. Det vil hjælpe med at tiltrække fremtidige forskningsmidler fra nationale og internationale agenturer, hvor præmier og tidligere tildeling af tilskud er vigtige elementer i vurderingerne.

Lidt om mennesket bag forskeren

Jeg er gift med Ekta og sammen har vi to smukke døtre, Harshal på syv år og Annelina på to år. Vi elsker at bo i den smukke og cykelvenlige by, København. I min fritid nyder jeg at lege med mine døtre og at lave indisk mad.