Jakob Skou Pedersen

Projekttitel

Kortlægning af RNA geners regulatoriske rolle i cancer

Hvad handler dit projekt om?

For få år siden blev det opdaget, at det menneskelige genom indeholder i tusindvis af lange RNA gener. I modsætning til de velstuderede protein-kodende gener bliver disse RNA gener ikke oversat til protein. Umiddelbart har det ikke været klart om RNA generne havde en funktion for cellens funktion og den menneskelige organisme.

Det har dog vist sig, at et stort antal af generne kunne genfindes i fjernt beslægtede arter som fx mus, hvilket angiver, at de er bevaret igennem evolutionen og dermed må spille en rolle for den enkelte organisme og arternes overlevelse. De sidste års intense forskning har vist, at en del af de lange RNA gener er involveret i, hvordan vores DNA bliver pakket og dermed i reguleringen af vores protein-kodende gener.

Det er dermed demonstreret, at en del af dem er af stor funktionel betydning. I udviklingen af kræft sker der tilfældige ændringer i cellernes genom, som forårsager en deregulering af de protein-kodende gener, således at cellerne kan dele sig ukontrolleret. Det har vist sig, at de lange RNA gener i visse tilfælde er involveret i denne deregulering og dermed afgørende for kræftudviklingen. Dette projekt vil klarlægge, hvorledes lange RNA gener reguleres og søge at afdække deres involvering i udvikling af kræft.

Hvordan opstod din interesse for dit forskningsfelt?

Jeg har altid været interesseret i naturen, og hvordan den hænger sammen. Kortlægningen af menneskets DNA gjorde det muligt at studere vores genetiske grundlag direkte, hvilket var en fascinerende mulighed. Det blev samtidig klart, at det krævede nye metoder at afkode DNA’ets regulatoriske information, og at disse metoder i høj grad ville være computerbaserede fremfor eksperimentelle. Jeg valgte derfor at specialisere mig i bioinformatik med fokus på at identificere og karakterisere funktionelle DNA-elementer.

Hvad er de forskningsmæssige udfordringer og perspektiver ved dit projekt?

Forskningsprojektet søger at karakterisere en stor gruppe ny-opdagede RNA-gener. Mange af disse RNA- gener formodes at være centrale for reguleringen af vores proteinkodende gener og dermed cellens funktion. Det er dog stadig kun få af disse RNA-gener, der er eksperimentelt velbeskrevne. Et centralt og udfordrende element i projektet er kombinationen af mange forskelligartede genomiske datasæt, som fx DNA-sekvensmotiver, data om genudtryk og RNA-proteininteraktionsdata. Igennem computeranalyse af disse data er målet at gruppere RNA-generne funktionelt og med hensyn til netværksinteraktioner. En anden central udfordring er at identificere RNA-gener, der bliver dysreguleret i cancer, og evalueringen af disses diagnostiske og prognostiske potentiale.

Hvad vil det betyde for din forskerkarriere, at du indgår i Sapere Aude-programmet?

En Sapere Aude-bevilling giver mig mulighed for at realisere egne forskningsmål inden for det område, jeg har specialiseret mig i. Derudover giver det mig mulighed for at tiltrække dygtige forskere i en flerårig periode og dermed at sætte mere ambitiøse mål, end det ellers var muligt. Med finansieringen af udlandsophold giver det mig mulighed for at udbygge mine internationale forskningskontakter og forblive forbundet med ledende forskningsmiljøer inden for mit felt.

Lidt om mennesket bag forskeren

Gift og har to piger på fem og otte år. Jeg har i min ungdom rejst meget i tredjeverdenslande, hvilket har haft en stor indflydelse på mit syn på verden og mine værdier. Jeg håber således, at min forskning på sigt også vil kunne bidrage til udvikling og sundhed i lande med et mere udfordrende udgangspunkt end det danske.