Emre Karaman

Projekttitel

Unraveling admixture-introduced complex genetic variation in genomic research

Hvad handler dit projekt om?

Genomisk forskning foretages hovedsageligt i populationer med en enkelt genetisk oprindelse. Dog stiger antallet af populationer med flere genetiske oprindelser for mange arter. Håndteringen af disse blandede populationer kræver nye metoder og beregningsmæssige værktøjer til at studere forholdet mellem de gener og egenskaber et individ har. Det primære forskningsspørgsmål i dette projekt er: “hvordan kan vi i genomisk forskning bedst tage hensyn til og udnytte den genetiske diversitet blandt individer, som har flere genetiske oprindelser?”.

Hvordan opstod din interesse for dit forskningsfelt?

Som statistisk genetiker har jeg altid interesseret mig for at finde løsninger på udfordringer, der opstår i genetisk og genomisk forskning. Et stigende problem i dette forskningsfelt er at håndtere genetisk blandede populationer. Hvis dette ikke håndteres rigtigt, kan det, f.eks. indenfor humangenetik, medføre ineffektiv medicinering af patienterne. Inden for husdyrgenetik kan det medføre ineffektiv udnyttelse af de genetiske ressourcer. Motiveret af denne udfordring har jeg haft en stor interesse i at udvikle metoder, der kan håndtere genetisk blandede populationer. Gennem dette arbejde er jeg blevet opmærksom på den videnskløft, der eksisterer mellem den nuværende genomforskning samt forskningen inden for præcisionsmedicinering/landbrug. Formålet med dette projekt er at udfylde denne videnskløft.

Hvad er de forskningsmæssige udfordringer og perspektiver ved dit projekt?

Forståelsen af, hvordan forskelle på genniveauet er koblet til forskellige på egenskabniveauet (f.eks. risikoen for at udvikle en sygdom) er en udfordrende opgave. Nuværende metoder inden for genomisk forskning antager, at genegenskab forholdet er lineært. Dette er en fundamental forkert antagelse, da komplekse egenskaber er et resultat af interaktioner mellem mange gener. Disse gener og deres interaktioner er mere ens blandt individer fra den samme population sammenlignet med individer fra forskellige populationer. Fordi individer i genetisk blandede populationer nedarver deres gener fra flere populationer, kan der opstå nye geninteraktioner. Udnyttelsen af disse interaktioner kræver nye metoder og beregningsmæssige værktøjer, hvilket er fokus i dette projekt.

Hvilke perspektiver vurderer du selv, at din forskning på sigt kan have for det omgivende samfund?

Resultaterne fra dette projekt fremmer forskning inden for præcisionsmedicinering og -landbrug ved at bidrage med nye metoder og værktøjer til forskere inden for disse forskningsfelter. Ved at facilitere forebyggelsesstrategier, som er baseret på en mere præcis sygdomsrisiko-score, kan man øge effekten af medicinering. Baseret på en forventet øget effekt af genomisk selektion inden for landbrugssektoren, vil resultaterne hjælpe plante- og husdyrsavlere til at øge avlsfremgangen yderligere. Den øgede avlsfremgang vil ikke kun hjælpe avlerne, men hele værdikæden i produktions- og fødevaresektoren. Det vil hjælpe med et øget output, bedre kvalitet eller reduceret input, hvilket svarer til millioner af euro. Endeligt vil det resultere i, at forbrugerne drager fordel gennem forbedret effektivitet og lavere priser samt miljøet gennem forbedret ressourceeffektivitet.

Hvad vil det betyde for din forskerkarriere, at du indgår i Sapere Aude-programmet?

Jeg er yderst taknemmelig for at have modtaget denne meget prestigefyldte Sapere Aude: DFF-Forskningsleder-bevilling, som vil have stor strategisk betydning for mit videre karrieforløb. Bevillingen vil muliggøre, at jeg kan etablere min egen forskningsgruppe og blive en selvstændig forsker inden for udviklingen af nye metoder til genomisk forskning med fokus på blandende populationer. Det er min overbevisning, at etableringen af denne forskningsgruppe inden for dette nye forskningsfelt vil betyde ny forskning, der vil tillade mig, min forskningsgruppe, og dermed Danmark, at bibeholde vores førende position indenfor statistisk og kvantitativ genetik.

Lidt om mennesket bag forskeren

Jeg er oprindeligt fra Tyrkiet, og er flyttet til Danmark med min kone, hvor vi har etableret os og fået vores smukke datter. Aktuelt er jeg ved at genopdage verdenen sammen med hende, hvor jeg forsøger at være en god guide, hvilket optager det meste af min fritid. Udover at dele disse skønne oplevelser, løber og rejser jeg meget og læser filosofiske bøger.