Bestyrelsen for Danmarks Frie Forskningsfond tegner Danmarks Frie Forskningsfond politisk og strategisk og varetager sammen med de faglige forskningsråd den forskningsfaglige rådgivning til bl.a. uddannelses- og forskningsministeren, Folketinget og regeringen. Bestyrelsen træffer beslutning om fordeling af Danmarks Frie Forskningsfonds midler mellem de faglige forskningsråd og har ikke selv bevillingskompetence. Bestyrelsen består af ni anerkendte forskere, der udpeges af uddannelses- og forskningsministeren efter åbent opslag.