Jørgen Frøkiær har siden juli 2018 været leder af Institut for Klinisk Medicin ved Aarhus Universitet og har tidligere været udpeget til Danmarks Frie Forskningsfonds faglige forskningsråd DFF | Sundhed og Sygdom for en 6-årig periode (2011-2016), herunder som næstformand (2011-2014) og formand (2015-2016). Jørgen Frøkiær har en omfattende international forskningserfaring, hvor han har arbejdet med at besvare både kliniske sundhedsvidenskabelige og grundvidenskabelige problemstillinger og har mere end 25 års erfaring som forskningsleder.